Все коммерческие банки обязаны вести депозитарный учет ценных бумаг сторонних эмитентов, принадлежащих им на праве собственности, а депозитарный учет ценных бумаг клиентов обязаны вести коммерческие банки профессиональные участники рынка ценных бумаг, имеющие лицензию на право осуществления депозитарной деятельности.
Депозитарный учет облигаций на организованном рынке ценных бумаг (ГКО/ОФЗ, РАО «ВСМ») осуществляют и дилеры, и инвесторы. Поскольку головным депозитарием выступает Национальный Депозитарный Центр, следовательно, депозитарный учет облигаций и дилерами, и инвесторами ведется на счете 98010 «Ценные бумаги на хранении в головном депозитарии» (НОСТРО депо базовый). Аналитический учет может вестись в разрезе мест хранения облигаций, их типов и выпусков.
У дилера открываются счета аналитического учета для облигаций, учтенных в головном депозитарии как собственные облигации дилера, и облигаций, учтенных на его корреспондентском счете как принадлежащие клиентам.
У инвестора аналитический учет к этому счету ведется по субдепозитариям, с которыми он заключил договор счета депо.
Операции по приобретению облигаций отражаются проводками:
У дилера
Собственные облигации:
• Д-т счета 98010 «Ценные бумаги на хранении в головном депозитарии» (Ностро депо базовый);
• К-т счета 98050 «Ценные бумаги, принадлежащие депозитарию».
Облигации клиентов:
• Д-т счета 98010 «Ценные бумаги на хранении в головном депозитарии» (Ностро депо базовый);
• К-т счета 98040 «Ценные бумаги владельцев».
Пассивный счет 98040 «Ценные бумаги владельцев» для облигаций, обращающихся на организованном рынке, открывается и ведется только у дилера. На этом счете аналитический учет ведется для каждого инвестора, а внутри счетов  по типам и выпускам облигаций.
У инвестора
• Д-т счета 98010 «Ценные бумаги на хранении в головном депозитарии» (Ностро депо базовый);
• К-т счета 98050 «Ценные бумаги, принадлежащие депозитарию».
Операции по перепродаже облигаций отражаются следующим образом:
У дилера
Собственные облигации:
• Д-т счета 98050 «Ценные бумаги, принадлежащие депозитарию».
• К-т счета 98010 «Ценные бумаги на хранении в головном депозитарии» (Ностро депо базовый).
Облигации клиентов:
• Д-т счета 98040 «Ценные бумаги владельцев».
• К-т счета 98010 «Ценные бумаги на хранении в головном депозитарии» (Ностро депо базовый).
У инвестора
• Д-т счета 98050 «Ценные бумаги, принадлежащие депозитарию».
• К-т счета 98010 «Ценные бумаги на хранении в головном депозитарии» (Ностро депо базовый).
Депозитарный учет акций на организованном рынке ценных бумаг ведется аналогично описанному выше учету облигаций. Учет осуществляют коммерческие банки профессиональные участники рынка ценных бумаг и специализированные некредитные учреждения. Депозитарный учет акций и брокерами, и инвесторами ведется на счете 98010 «Ценные бумаги на хранении в головном депозитарии» (НОСТРО депо базовый). Аналитический учет может вестись в разрезе мест хранения акций, их типов и выпусков. У брокера открываются счета аналитического учета для акций, учтенных в головном депозитарии как собственные облигации дилера, и акций, учтенных на его корреспондентском счете как принадлежащие клиентам. У инвестора аналитический учет к этому счету ведется по субдепозитариям, с которыми он заключил договор счета депо.
Операции по приобретению акций отражаются проводками:
У брокера
Собственные акции:
• Д-т счета 98010 «Ценные бумаги на хранении в головном депозитарии» (Ностро депо базовый);
• К-т счета 98050 «Ценные бумаги, принадлежащие депозитарию».
Акции клиентов:
• Д-т счета 98010 «Ценные бумаги на хранении в головном депозитарии» (Ностро депо базовый);
• К-т счета 98040 «Ценные бумаги владельцев».
Пассивный счет 98040 «Ценные бумаги владельцев» для акций, обращающихся на организованном рынке, соответствует счету 98065 «Ценные бумаги, принятые от низовых депозитариев» или счету номинального держателя у профессиональных участников некредитных учреждений. На этом счете аналитический учет ведется для каждого инвестора, а внутри счетов  по типам и выпускам облигаций.
У инвестора
• Д-т счета 98010 «Ценные бумаги на хранении в головном депозитарии» (Ностро депо базовый);
• К-т счета 98050 «Ценные бумаги, принадлежащие депозитарию».
Операции по перепродаже акций отражаются следующим образом:
У брокера
Собственные акции:
• Д-т счета 98050 «Ценные бумаги, принадлежащие депозитарию».
• К-т счета 98010 «Ценные бумаги на хранении в головном депозитарии» (Ностро депо базовый).
Акции клиентов:
• Д-т счета 98040 «Ценные бумаги владельцев».
• К-т счета 98010 «Ценные бумаги на хранении в головном депозитарии» (Ностро депо базовый).
У инвестора
• Д-т счета 98050 «Ценные бумаги, принадлежащие депозитарию».
• К-т счета 98010 «Ценные бумаги на хранении в головном депозитарии» (Ностро депо базовый).
