При заключении договора купли-продажи облигаций между покупателем (инвестором) и продавцом (эмитентом или эмиссионным агентом) у эмитента или эмиссионного агента делаются проводки:
• Д-т счета 98090 «Ценные бумаги вне обращения»  на количество проданных облигаций;
• К-т счета 98040 «Ценные бумаги владельцев».
В аналитическом учете к этому счету ведутся лицевые счета клиентов.
После распространения облигаций должен быть составлен полный отчет всеми эмиссионными агентами, и этот отчет с соответствующими документами (договоры купли-продажи на распространенные ценные бумаги и т.д.) должен быть предоставлен эмитенту.
У эмиссионного агента (если это кредитная организация или ее филиал) должны быть закрыты все счета. Открытые для проведения эмиссии облигационного займа, следующими проводками:
• Д-т счета 98040 «Ценные бумаги владельцев»  на общее количество распространенных ценных бумаг;
• К-т счета 98000 «Ценные бумаги на хранении в депозитарии».
• Д-т счета 98090 «Ценные бумаги вне обращения»  на количество нераспространенных ценных бумаг;
• К-т счета 98000 «Ценные бумаги на хранении в депозитарии».
По представленным эмиссионными агентами отчетам эмитент акций проводит сверку количества выпушенных ценных бумаг в обращение по лицевым счетам эмиссионных агентов с количеством ценных бумаг, предназначенных для размещения. В принципе при такой системе депозитарного учета не может возникнуть ситуации, когда количество распространенных ценных бумаг превысит то количество ценных бумаг, которое выявлено к распространению и зарегистрировано в регистрирующем органе.
Эмитент облигаций должен отразить в своем депозитарном учете итоги распространения облигационного займа по представленным эмиссионными агентами отчетам.
В случае распространения всех облигаций, предназначенных для размещения, эмитент отразит у себя эту операцию проводкой:
• Д-т счета 98090 «Ценные бумаги вне обращения»;
• К-т счета 98040 «Ценные бумаги владельцев» по лицевым счетам владельцев облигаций (на количество размещенных облигаций, за которые поступила полная оплата).
Если распространены не все облигации, то на количество неразмещенных делается проводка:
• Д-т счета 98090 «Ценные бумаги вне обращения»  лицевой счет «Ценные бумаги к размещению»;
• К-т счета 98090 «Ценные бумаги вне обращения»  лицевой счет «Неразмещенные ценные бумаги» или лицевой счет «Ценные бумаги к погашению» (на количество неразмещенных облигаций).
В дальнейшем при погашении неразмещенных ценных бумаг делает проводку:
• Д-т счета 98090 «Ценные бумаги вне обращения»  по лицевому счету «Неразмещенные ценные бумаги к погашению»;
• К-т счета 98000 «Ценные бумаги на хранении в депозитарии».
Если эмитент осуществлял выпуск именных облигаций, и число владельцев облигаций превысило 500, то реестр должен вестись независимым регистратором, т.е. эмитент облигаций вместе с независимым регистратором должен провести работу по занесению в реестр именных облигаций их владельцев. Представляется, что такая работа должна вестись сразу же (т.е. после заключения сделки с инвестором на продажу облигаций после полной их оплаты соответствующая запись должна быть внесена в систему ведения реестра облигаций данного выпуска).
При выпуске облигаций в документарной форме, и если эти облигации будут оставлены на хранении у эмитента, то последний может зарегистрироваться в системе ведения реестра в качестве номинального держателя. Каждая операция по продаже облигаций будет увеличивать счет номинального держателя  эмитента в системе ведения реестра облигаций.
Если в обращение выпущены облигации в бездокументарной форме, то функции головного депозитария с точки зрения организации учета ценных бумаг выполняет реестродержатель.
Следовательно, при передаче реестра облигаций независимому реестродержателю эмитент должен сделать в своем депозитарном учете проводки:
• Д-т счета 98010 «Ценные бумаги на хранении в ведущем депозитарии» (ностро базовый);
• К-т счета 98000 «Ценные бумаги на хранении в депозитарии».
Если при документарной форме выпуска облигаций без обязательного централизованного хранения сертификаты облигаций выдаются владельцам на руки, то эмитент оформляет эту операцию проводкой:
• Д-т счета 98040 «Ценные бумаги владельцев»;
• К-т счета 98000 «Ценные бумаги на хранении в депозитарии».
Если к обслуживанию этих ценных бумаг подключается депозитарий, то он должен установить базовые корреспондентские отношения с реестродержателем. У эмитента делается проводка:
• Д-т счета 98015 «Ценные бумаги на хранении в других депозитариях» (ностро депо расчетный);
• К-т счета 98000 «Ценные бумаги на хранении в депозитарии».
Соответственно делаются корректировки в системе ведения реестра этих облигаций по счету номинального держателя, которым является эмитент, т.е. на переданные на хранение в расчетный депозитарий облигации в документарной форме уменьшается счет номинального держателя. В системе ведения реестра эти облигации должны пройти по отдельному лицевому счету владельца этих облигаций.
Если облигации в документарной форме выдаются на руки владельцу, то в системе ведения реестра по счету номинального держателя должны быть сделаны корректировки, а владельцу сертификата должен быть открыт отдельный лицевой счет в системе ведения реестра облигаций.
Смена владельцев именных ценных бумаг должна быть в обязательном порядке отражена у эмитента в системе ведения депозитарного учета по лицевым счетам счета 98040 «Ценные бумаги владельцев».
